श्री गजानन महाराज हे तेलंगी ब्राह्मण होते अशी एक वदंता होती. त्याचे कारण म्हणजे श्री बिरुदुराजू रामराजू नावाच्या एका लेखकाने "आंध्रा योगुलु" नावाच्या पुस्तकात श्री महाराज हे तेलंगी ब्राह्मण असल्याचे लिहिले आहे.
परंतु २००४ साली प्रकाशित झालेल्या "श्री गजानन महाराज चरित्र कोश" ह्या दासभार्गव नावाच्या लेखकाने (लेखकाने शेगावात राहून आठ वर्षांच्या संशोधनानंतर हे पुस्तक प्रकाशित केले, असे समजते) लिहिलेल्या पुस्तकात ह्या वदंतेचे व्यवस्थित स्पष्टीकरण दिले आहे.
इ.स. २००३ मध्ये ह्या दासभार्गव नावाच्या लेखकाची १२९ वर्षे वय आहे असे सांगणार्‍या शिवानंद सरस्वती नावाच्या सत्पुरुषाशी नाशिकक्षेत्री भेट झाली, त्यावेळी सरस्वतींनी त्यांना १८८७ साली अगदी तरुणपणी गजानन महाराजांची आणि त्यांची नाशिकक्षेत्रीच भेट झाल्याचे सांगितले. शिवानंद सरस्वती हे तमिळनाडूमधील तिरुनेलवेल्लीहून आल्याचे लेखकाने लिहिले आहे. तसेच लेखकाने हेही स्पष्ट केले आहे की गजानन महाराज शेगावी प्रकट झाल्यानंतरही शिवानंद सरस्वती २५-३० वेळा त्यांना भेटावयास आले होते. अशा प्रत्येक वेळी ते अमरावती येथील श्रीयुत खापर्डे ह्यांच्या घरी राहत. शिवानंद सरस्वतींचा उल्लेख श्री बा.ग. खापर्डे ह्यांनी "श्री गजानन विजय" ह्या ग्रंथाच्या प्रस्तावनेत केला आहे.
कालांतराने शिवानंद सरस्वती तपश्चर्येकरिता हिमालयात निघून गेले आणि त्यानंतर ते प्रदीर्घ काळ कोणासही दिसले नाहीत. हा सर्व तपशील 'गजानन महाराज चरित्र कोश' या दासभार्गव-लिखित ग्र्ण्थात पृष्ठ ३६२-३६५ दरम्यान आला आहे. ह्यावरून एक गोष्ट मात्र निश्चित होते आणि ती म्हणजे की श्री गजानन महाराज हे तेलंगी ब्राह्मण नव्हते. ते कोणीही असले तरी ते उत्तम प्रकारे वेदपठण करीत, तसेच त्यांना वेदश्रवणदेखील फार आवडे, हे सत्य असावे.
माघ वद्य ७ शके १८००, (२३ फेब्रुवारी १८७८) या दिवशी १८ वर्षाचे गजानन महाराज शेगांव जि. बुलढाणा येथे दिगंबरावस्थेत लोकांच्या दृष्टीस पडले. त्या वेळी ते देवीदास पातुरकरांच्या मठाबाहेर उष्ट्या पत्रावळीतील शिते उचलून खात होते. ह्या संदर्भात दासगणूंनी लिहिले आहे, "कोण हा कोठीचा काहीच कळेना | ब्रह्माचा ठिकाणा कोण सांगे | साक्षात ही आहे परब्रह्ममूर्ती | आलीसे प्रचिती बहुतांना ||"
बंकटलाल आगरवाल ह्याला महाराजांचे प्रथम दर्शन झाले ते असे, "दंड गर्दन पिळदार | भव्य छाती दृष्टी स्थिर | भृकुटी ठायी झाली असे ||." जेव्हा बंकटलालने त्यांना जेवणाविषयी विचारले त्यावेळी महाराजांनी नुसतेच शून्य दृष्टीने त्याच्याकडे पाहिले. कारण महाराज त्यावेळी तुर्या (जागृति म्हणजे जागे असणे, सुषुप्ति म्हणजे झोपणे आणि स्वप्नावस्था ह्या तीन अवस्थांच्या पलीकडील स्थितीस तुर्या अवस्था अथवा व्रह्मस्थिति अथवा सहजसमाधि असे म्हणतात) अवस्थेत होते. महाराज एक महान आणि असामान्य असे योगी आहेत असे बंकटलालला वाटले आणि त्याने त्यांना स्वगृही आणले.
गजानन महाराज हे फार मोठे संत आहेत अशी भावना मनी धरणार्‍या भक्तांनी बंकटलालाचे घर दुमदुमून गेले. काही महिने गजानन महाराज बंकटलालाकडे राहिले आणि त्यानंतर त्यांनी त्यांचे वास्तव्य तिथून हटवून गावातील मारुतीच्या मंदिरात आणले.
अक्कलकोटचे श्री स्वामी समर्थ आणि श्री गजानन महाराज यांच्यात अनेक प्रकारे साम्य आढळते. दोघेही परमहंस सन्यासी होते, दोघेही आजानबाहू होते, दोघेही अत्यंत गूढ बोलत ज्याचा समोरच्यांना अर्थ कळत नसे. गजानन महाराज स्वामी समर्थांच्या समाधी घेण्याच्या काही दिवस आधी शेगावात प्रगट झाले. या दोन महापुरुषांची भेट झाली असे अनेकांचे मत आहे.
स्वामी समर्थ हे गजानन महाराजांचे गुरू असावेत असे काही लोकांचे म्हणणे असले तरी ते तसे नसावेत. कारण गजानन महाराजांची सर्व लक्षणे स्वामी समर्थांप्रमाणेच पूर्ण अवताराची आहेत, तसेच श्री गजानन महाराज हे स्वयंभू होते. कदाचित त्यांनी स्वामींची भेट घेतली असेल मात्र श्री स्वामी समर्थ त्यांचे गुरू नक्कीच नव्हते.
हरीभाऊ (स्वामिसुत), नाना रेखी (नाना इनामदार), दादाबुवा महाराज या स्वामींच्या शिष्यांनी "श्री स्वामी समर्थ" या नाम मंत्राचा प्रचार केला, मात्र गजानन महाराजांनी कधीच "श्री स्वामी समर्थ" या मंत्राचा जप केला नाही. यावरून ते स्वामी समर्थांचे शिष्य नव्हते असेच म्हणावे लागेल.
स्वामी समर्थांच्या भेटीस आलेल्या एका १८-१९ वर्षाच्या मुलास त्यांनी गणपती असे म्हटले आणि नंतर कपिलधारेला तपश्चर्या करण्यास पाठवले. जर ते गजानन महाराज होते असे गृहीत धरले तर १२ वर्षाच्या तपश्चर्येनंतर त्यांचे वय ३० व्हायला हवे होते मात्र गजानन महाराज प्रथम प्रगट झाले तेंव्हा त्यांचे वय १८ वर्षेच होते. त्यामुळे श्री स्वामी समर्थांनी गणपती म्हटलेला मुलगा निश्चितपणे श्री गजानन महाराज नव्हते.
श्री स्वामी समर्थांच्या शिष्यांनी स्वामींचे मठ स्थापून त्यांचा त्या त्या प्रांतात प्रचार केला, स्वत: स्वामी मात्र सर्वत्र फिरत असतानादेखील कधीच स्वतःचा प्रचार करीत नव्हते. गजानन महाराजही उपाधींपासून दूर राहण्याकरिता अनेक वेळा मठ सोडून कुठेतरी भटकंती करण्यास निघून जात. सदैव सर्वत्र फिरत असले तरी त्यांनी स्वतःचा प्रचार कधीच केला नाही. दोघांचे चरित्र वाचल्यावर त्यांच्यातील साम्य प्रकर्षाने लक्षात येते आणि हे दोघे भौतिक दृष्ट्या दोन दिसले तरी प्रत्यक्षात एकच असावे असे वाटते.
वर उल्लेखित केलेली काही मते स्वतंत्रपणे मांडून गजानन महाराज हे अक्कलकोटच्या स्वामी समर्थांचे शिष्यच नव्हते असे शाबीत करण्याचा बराच प्रयत्‍न झाला आहे. परंतु, एकाच गु्रूच्या प्रत्येक शिष्याचे कार्यस्थळ आणि उद्धाराचे कार्य हे दोन्ही वेगवेगळे असल्याकारणाने महाराजांनी स्वामींच्या नावाचा प्रसार केला नाही आणि म्हणून ते स्वामींचे शिष्य नाही ह्या पुराव्यात काहीही तथ्य नाही. खरे संत हे नाव आणि रूप ह्या सर्वाच्या पलीकडे असलेल्या शुद्ध ब्रह्माचे चाहते असतात त्यांना सामान्य माणसांसारखी प्रसिद्धीची हाव असत नाही.
सांगली जवळील पलूसचे संत धोंडीबुवा (त्यावेळी लोक त्यांचे संतत्व न जाणल्याने 'वेडा धोंडी' म्हणत असत) हे निरक्षर, गुराखी असूनसुद्धा स्वामी समर्थांच्या कृपेस पात्र झाले आणि संतत्वास पोहोचले. त्यांनीसुद्धा कधीच स्वामींच्या नावाचा प्रचार किंवा प्रसार केला नाही. म्हणून काही ते स्वामींचे शिष्य नाही असे म्हणता येत नाही. सामान्य मनुष्य प्रत्येक गोष्ट एका सामान्य माणसाच्या दृष्टिकोनातून आणि मानवी तर्कबुद्धि वापरून बघत असतो. ह्या संदर्भात काहीसे असेच झालेले आहे. अक्कलकोटच्या स्वामी समर्थांना त्यांनी स्वत: पूर्णत्वाला पोहोचविलेल्या शिष्यांची यादी जगाला द्यायची आवश्यकता वाटली नाही तसेच त्यांच्या शिष्यांपैकी सर्वांनाच स्वामी समर्थच आमचे गुरू आहेत बरं का, असं जगाला छाती ठोकून सांगण्याची आवश्यकता वाटली नाही. कारण, ह्या सर्व गोष्टी मानवी उद्धारकार्यापुढे अतिशय गोण आहेत असे ते समजत होते. त्यामुळे गजानन महाराजदेखील स्वा्मी समर्थांचे शिष्य असू शकतात.